Почитайте про указатели и ссылки, в FillArray вы передаете указатель на массив int, то-есть адрес в памяти, где лежат данные, и в ShowArray вы передаете тот же адрес в памяти, где лежат данные.
Сохранять данные результата в текстовый файл, и при запуске считывать данные из этого файла. Можно самому реализовать или использовать готовое решение, например: "simpleini"