Потому что при обработке ссылки, которая начинается с #, не происходит перезагрузки страницы и все присвоенные скриптом классы остаются. А при переходе по ссылке на новую страницу, меню грузится заново, без проставленных скриптом классов.
Выход - проставлять изначальные классы на стороне сервера, либо вызывать скрипт, который отметит текущий пункт меню, после загрузки страницы