Недавно общался на эту тему с американским разработчиком, он сказал, что у Аппселератора более «ожидаемое» и «внятное» АПИ.
А лично я выбрал фонгап по простейшей причине: у меня не получилось запустить Аппселератор, сколько бы я не долбался и не искал информацию по этому поводу.
Кроме того Фонгап более популярен, судя по количеству упоминаний в интернете и заказов на фрилансе; у Фонгапа есть онлайновый конвертер приложений. Подозреваю, что в будущем Фонгап будет еще больше доминировать на рынке.