Fenrir89

/var/lib/vz/images/102/vm-102-disk-1.raw
Диски лежат отдельно, конфиги отдельно

Smart должен быть в Advanced Setup, если bios не урезанный

Про виртуалку посоветую vmpleer с пробросом hdd напрямую, но не факт что поможет

Кластер из 3 машин, еще как вариант сеть перегружена