Fear1

Получилось сделать через фильтр следующим образом:

Card::leftJoin('comments', 'cards.id', '=', 'comments.card_id')
        ->where('comments.type', 'comment')
        ->select('cards.*')
        ->orderBy('comments.created_at', 'desc')
        ->groupBy('comments.id')
        ->get()
        ->filter(function($item, $key) {
            if(!in_array($item->id, $this->alreadySelectedCards)) {
                $this->alreadySelectedCards[] = $item->id;
                return true;
            }
        });

Но это костыль и, мне кажется, есть нормальный способ решить такую тривиальную задачу...