Может, стоит объявить ещё экземпляр класса ConnectionCom() (не один sPort, а два sPort1 и sPort2). Для каждого COM-порта свой экземпляр. И в слоте делать проверку, если уже один COM-порт используется, создать второй экземпляр, и в нём открывать второй COM-порт.
Или в ConnectionCom() иметь два экземпляра QSerialPort() (serialPort1 и serialPort2).