Выяснила, в чём было дело. Я на специальном полупустом проекте тестировала сборку, на маленьких модулях, буквально из пары функций\объектов, пытаясь повторить ту же ошибку. Дело было в моём коде, а не в сборке. У меня был объект, в котором содержатся ссылки на DOM-элементы. И, очевидно, вебпак воспринимает это как модуль с "побочным эффектом" и не вытряхивает его. В итоге, я выделила конкретно этот модуль в отдельный файл, решив вопрос таким образом. Остальные модули вроде бы нормально вытряхиваются.
