Производители дисков и разработчики специализированного ПО договорились и почти к каждому новому диску можно легально получить копию программы для переноса (резервирования, разбиения, выравнивания и т.п.) данных. Acronis TrueImage или Disk Director (а может и BackUp & Restore), Paragon Hard Disk Manager. Или просто зайти на их сайты и выбрать бесплатную или пробную редакцию. Даже пиратить не надо, ради одного двух раз.
Мало того, перенос идёт даже не файлов а самой таблицы, но пустое место соответствующим образом урезается, например "Клонирование с изменением размера".
Ось не важна, есть "родные" загрузочные диски (правда их надо сделать, но инструменты есть в составе программ) на основе линукса, WinPE или использовать варианты со сторонними Live образами.