Просто совет.
Самое главное, что нужно сделать - копию содержимого всей "флешки", образ, не на уровне ФС, а на "физическом" уровне . В дальнейшем работать только с образом, имея его резервную копию, на всякий случай.
Указанная выше R-Studio умеет работать с носителями на "низком" уровне.