Все зависит от того что вы выбрали за ftp сервер
proftpd
Простым ftp пользователям нет необходимости иметь доступ к командной оболочке. Перед тем, как приступите к созданию новых пользователей, выполните команду:
echo '/bin/false' >> /etc/shells
Создайте нового пользователя
useradd имя_пользователя -d /home/имя_папки -m -s /bin/false
passwd имя_пользователя
Командами выше мы создали пользователя (имя_пользователя нужно заменить на не занятое имя) и соответствующую группу, назначили и создали (ключ -m можно опустить, если каталог уже существует) домашний каталог /home/имя_папки и выбрали /bin/false в качестве командной оболочки пользователя, тем самым ее отключив в целях безопасности. Командой passwd мы создали пользователю необходимый пароль.
Ограничение прав ftp пользователя
При необходимости, Вы можете закрыть права на запись для пользователя, например, в домашнюю директорию и оставить их только для какой-нибудь внутренней папки, например upload:
От имени суперпользователя измените права:
chmod 777 /var/www/mysite2.ru
chown имя_пользователя:имя_пользователя /var/www/mysite2.ru
vsftpd
по аналогии можно создавать пользователя и задавать домашнюю директорию /var/www/mysite3.ru ... и т.д.