1. eth0:1 — это не виртуальный интерфейс, а всего лишь алиас, он не может иметь отдельную дисциплину очереди.
2. tc подойдёт. На весь интерфейс (eth0) вешается дисциплина и создаётся два дочерних класса — один с ограничением скорости, второй — на всю ширину. В класс с ограничением скорости направлять все пакеты с заданным адресом отправителя (это как раз и будет ip-адрес на eth0:1). За подробностями рекомендую обратиться к lartc.
