Если речь идет о Notepad++, то посмотрите плагин NPPCrypt.
Если речь идет о том, что нужно шифровать отдельные строки в файле, то я бы сделал так:
1) Выбрать алгоритм шифрования
2) Пройти по файлу циклом любым языком программирования, который знаете
3) Применить алгоритм к строкам по определенному признаку. Здесь в помощь регулярные выражения.
