Евгений Ромашкан

Скорее всего email с которым вы коммитите не совпадает с указанным на гитхабе.
Можете попробовать посмотреть вывод git config user.email в директории со скачанным репозиторием.

Ещё если в PyCharm`е залезть в git log должна быть возможность просматривать credentials связанные с каждым коммитом

Меняется email просто командой git config user.email "some_email@example.com"

Хватит уже пытаться во всём следовать каким-то стандартам )
Интересоваться ими, если они есть, однозначно, стоит. Но слепо следовать каким-либо стандартам только за то что они существуют бессмысленно и часто вредно.
Выкладывайте, вобщем, как удобнее, вы ведь не просто для галочки VCS(Git) используете?

Если это два отдельных проекта общающихся по API, нет никаких проблем выносить их в два разных репозитория. Если работают одни разработчики и изменения идут одновременно и там и там, можно положить в один. Выбор за вами.