1. Yii мёртв. Устарел лет на 10 по подходам и кодовой базе, и не развивается.
2. Плохой дизайн. Глобальное состояние для всего, наследование от базового класса модели, валидация через массивы там же, наследование для расширения всего и вся и прочая чушь. Отсутствие многих удобных фич типа нормального DI/аргумент резолверов, чего только стоит гибкость конфигурации сервисов в Симфе.
3. Свои велосипеды вместо чего-нибудь готового
4. Все компоненты прибиты гвоздями и не заменяются своими. Это делает код на нём нерасширяемым и нетестируемым(Ну то есть в теории переписав пол фреймворка и 100500 своих адаптеров можно писать нормально, но те кто хочет писать нормально просто уходят с Yii).
5. Слабое комьюнити которое сидит на нём потому что не осилило ничего другого / генерирует CRUD`ы через Gii(Заменить бы их уже не postgrest и прочие обёртки над базой) / инертные кодеры которым без разницы чего делать лишь бы на хлеб хватало.
6. Все фреймворки далеки(очень) от идеала, но Yii сильно отстаёт от прочих.