Анимация заставляет браузер проделывать кучу работы.
Разные браузеры работают по разному.
Если вы видите мигания, значит отрисовка кадров превысила комфортные 60 fps.
Запись анимации на вашем сайте показывает, что пересчитывание стилей сжирает львиную долю времени перерисовки.
Почитайте для начала, есть хорошая статья для понимания на Хабре: "Производительность анимаций на сайтах". Как минимум узнаете как проверить что вам тормозит.
Особенно обратите внимание на то, как браузер рисует страницу. Ваша анимация гоняет его по длинному кругу перерисовки.
