systemd init - почитайте.
вообще имеет кучи зависимостей. и не всегда хорошая практика. только если нет должных навыков.
чем вам поможет докер ? докер да. каждый контейнер - со своим окружением. нужны версии? используйте virtualenv.
и не совсем понятно про работу над проектами для разных ОС. кроссплатформенность ?? ух. определитесь с чем одним.
1. ведите понятную документацию по разворачиванию необходимого окружения на выбранной платформе
2. используйте git
3. решили равзорачивать окружение с помощью контейнеров - что ж, это удобно.
для коммандной работы достаточно 1 и 2 пунктов.