есть программа FAR Manager у нее есть плагин fartrans он позволяет пакетно менять кодировку.
www.farmanager.com/download.php?p=64&l=ru - ссылка на прогу
plugring.farmanager.com/plugin.php?pid=141&l=ru - ссылка на плагин
есть программа штирлиц, тоже самое делает.
pi314 - прав, все тоже самое можно и в линуксе проделать
