heroku запускает то, что ты записываешь в команды "postinstall" и "start" в твоём package.json в корне проекта. "postinstall" пока не используй, но потом можешь положить в него команду "собрать продакшн-билд vue".
express "устанавливается" не в файле index.js, а в том же package.json.
Если я правильно понял, ты хочешь запустить две ноды в одном хероку-приложении? разгугли их прайс сначала в таком случае =))
Если что - пиши в тг @golden_dinar