Главное правило – храните все файлы в гостевой системе.
Проекты с большим количеством файлов будут тормозить и в Линуксе если эти файлы хранятся на основной системе. Да и логически это более правильно, держать файлы и базы данных в одном месте.
PHPStorm умеет работать с файлами по SFTP. Если это не подходит, то для windows есть всякие проприетарные решения (платные и бесплатные) для монтирования удаленных файловых систем.
P.S. Используйте Вагрант даже если перейдете на Линукс или OS X.
