Я бы выбрал en.site.com по той причине, что поддомен это может быть другой сайт с другой структурой и даже тематикой. При чем при определенных запросах в топ могут войти сразу несколько поддоменов.
Для SEO также, имхо, лучше поддомены. Вопрос только в том, что не всегда можно управлять сайтом на поддоменах из единой админки.
