Сам по себе высокий LA не проблема и не симптом, имхо. Нужно смотреть на состав процессов и основных показателей в моменты высоких значений LA в top.
Если, например, при пиковой нагрузке высокий wa, то значит сервер «уперся» в диск и имеет смысл попытаться снизить нагрузку на дисковую подсистему при помощи простых мер: отключить access-логи, избавиться от ошибок в error-логах, указать «BufferedLogs on» в конфиге апача, поставить noatime для раздела и т.д.
При этом (и при наличии запаса по памяти), в отношении мускула не следует скупиться на: table_cache, thread_cache_size, query_cache_size, max_heap_table_size, tmp_table_size и иные «кеширующие» параметры.
Если же наоборот, при высоких LA и wa наблюдается нехватка памяти, нужно ужимать именно ее расход, поскольку система вылазит в своп, скорее всего.
Если в том же slow.log'е наиболее часто фигурируют 1-2 долгих запроса, имеет смысл разобраться с их происхождением и, в зависимости от последнего, либо избавиться от них, либо оптимизировать их.
Хотя в конечном итоге, при дальнейшем росте размера БД, все равно потребуется оптимизировать запросы либо менять железо.
Насчет связки nginx + php-fpm, одобряю, поскольку имею положительные впечатления от ее применения. Но переход на эту связку не отменяет написанного выше, ибо хуже не будет.
