"Вам шашечки или ехать?" (c)
Что бы отобразить файл в браузере так, как он записан - это надо экранировать html-теги, например функцией
htmlspecialchars.
Что бы обработать файл яваскриптом, его надо экранировать в виде валидного js-кода, например через
json_encode, а точнее так примерно:
echo '<script> var myvar = ' . json_encode(fread(...)) . '; <script>';