Эта ошибка связана с повреждением файловой системы. А конкретно, в базе данных yum есть поврежденная информация.
rpm --rebuilddb в данном случае не поможет.
Найти поврежденную запись базы данных можно с помощью команды 'yumdb info'
Посмотрите пример
здесь