По своему проекту скажу — делалось бы сейчас, делал бы только на MongoDB. Основная проблема — это поиск. Одновременно сделать поиск по одной базе и другой нельзя, а как искать пересечение данных? То есть, нам нужно, например, найти профили юзеров (SQL со связями) с красными носами и зелёными ушами (Mongo). В итоге нам нужно или делать или запрос в РСУБД, а потом по полученными id искать по монго с параметрами, или наоборот по найденными в монго параметрам искать в MySQL (или другой базе).
В случае, если данных немного, то проблемы особой нет, но когда количество однотипных данных растёт, то увеличивается и количество записей, который нужно таскать с одной базы в другую.
Сейчас поиск будет переезжать на более идеалогически кошерный сфинкс, но проект будет переписывать на полный MongoDB.