Я с MySQL не работал, но предполагаю что он для вывода в терминал использует ncurses, и когда вы передаете ему данный файл, он пытается вывести что-то в консоль используя переменную $TERM. По умолчанию она равна xterm-256color. Залогиньтесь на своем сервере и проверьте, установлена ли она. Если нет пропишите в .bashrc своего пользователя под которым выполняете запрос
export TERM=xterm-256color
И попробуйте еще раз.
Как там работает из самого PHP сложно сказать. Возможно просто при вызове из терминала ошибка игнорируется, а PHP получает некий код ошибки и прекращает работу.
