На heroku нельзя использовать файлы, так как используется виртуальная файловая система, которая минимум раз в сутки перезапускается. Об этом они сразу предупреждают в описании. На heroku предоставляется база даже в случае бесплатного доступа для обучения, правда всего 5Мб вроде в пакете hobby-dev. Остальные варианты за деньги также можно. Если же вам нужно обязательно использовать файл sqlite - то тогда надо искать другой хостинг, heroku не подойдет.