Может кому пригодится.
Проблема решилась сама по себе, перенесли сайт на хостинг. По всей видимости были проблемы в конфигурации php.ini, а именно "output_buffering".
Так же проблема бывает из-за блокировки сессий, если скрипт выполняет работу с ними. В данном случае с сессиями я не работал.