Можете использовать grunt для этих целей. Я написал небольшую либку
homemade.js, делающую именно то, что вам нужно (была точно такая-же задача). Она и как плагин к grunt работает, и через консоль. Просто запускаете
node homemade.js input.js output.js.
Вообще сейчас набирает популярность компонентный подход через
component, но это требует времени на изучение.
