3 ветки кода:
основная и по ветке специфичных изменений на каждый из сайтов.
изменения из основной периодически вливаются в ветки сайтов.
главное код хорошо тестами покрыть)
Либо второй вариант - если отличия реально незначительные, и в будущем усугубление ситуации не планируется - можно заворачивать оба домена на один и тот же код, а в самом коде реализовать ветвление.
