1. USB-сканеры обычно используют встроенный COM-преобразователь. Для сканеров без этой фичи можно купить отдельный, стоят они немного.
2. Софт бывает разный, чаще всего не очень функциональный. Поэтому в 90% случаев разумнее использовать сканер как клавиатуру. Однако протокол этих устройств несложный, и, если такой функционал критичен, можете заказать где-нибудь на фрилансе разработку такой фичи (или погуглить — но шансов, что найдете — очень мало).
3. Про типы штрих-кодов лучше всего расскажет википедия. ISBN, EAN и UPC — самые частые, что приходится встречать (из линейных). Почта России — Interleaved 2 of 5, он же EN 801 (
пруф, гуглится за 10 минут).