Да, конечно можно.
В описании метода
https://vk.com/dev/groups.getMembers есть параметр как раз для решения этой проблемы - "offset".
При первом запросе метода этот параметр или не передаете, или передаете 0, получаете первую 1000 ID, при следующем запросе передаете offset=1000, потом 2000 и так далее.