Во первых отключи проброс сетевой папки, используй программу для разработки и настрой sftp Deployment. Индексация как и обработка будет работать лучше.
Например на моем WebStorm'e (и PHPStorm'e) на Commit&Push есть опция автоматически загрузить измененные файлы на сервер.
Также настрой GIT это хорошо использовать для этапирования разработки, у тебя будет список измененных файлов, этот же список часто отображен в том или ином редакторе.
Настроив GIT, переопределив комбинацию клавиш Upload на Ctrl+S, я просто выделяю нужные файлы (или Changed files) и нажимаю Ctrl+S.