1. Понять чего хотите. Программная анимация слишком общее понятие. Если вы хотите программно анимировать передвижение кубика в пространстве - это одно, если вы хотите программно анимировать модель на основе костей, это другое...
2. Для простой программной анимации достаточно знания классов UnityEngine и применять простейшие способы обработки объектов в пространстве с привязкой к времени. Например в методе Update прописать нечто вроде
gameObject.transform.position.x = gameObject.transform.position.x * Time.deltaTime;