1. Создаем файл скрипта
cd ~/
touch backup.sh
chmod +x backup.sh
2. Пишем сам скрипт
#!/bin/bash
# rsync - лучше, чем cp по ряду причин, в т.ч. потому что не копирует все файлы перебором, что существенно экономит время/ресурсы.
# Строка ниже - синхронизация папки /var/www и /mnt/yandexdisk/www, данные синхронятся ИЗ /var/www.
rsync -az --delete -e /var/www/ /mnt/yandexdisk/www/
rsync -az --delete -e /var/public/ /mnt/yandexdisk/public/
# и т.д. все что нужно копировать.
# дальше можете выполнять доп.команды типа уведомления на почту, архивации, дампов БД и т.п.
3. Добавляем скрипт в крон (в примере - каждый день в 3 часа ночи)
echo "00 03 * * * root ~/backup.sh" >> /etc/crontab
echo " " >> /etc/crontab
Обязательно смотрите, чтобы в корнтабе последняя строка была пустая (хоть один перевод строки после последнего задания в списке).