1. отправка HUP — ведь только перезагружает конфиг? Я делал многократно /etc/init.d/nginx restart, что в этом контексте аналогично
2. wget
host/thisfile.js возвращает тоже закешированный js. Это показывает что дело не в браузере и не в проксе (ее просто нет)