Проблем не будет с передачей если у заказчика тоже будет оплачены приватные репозитории, так же если вы один раз оплатили и создали приватный репозиторий, то он будет всегда приватным. Кроме передачи на аккаунт на котором нельзя создать приватный репозиторий.
Используйте BitBucket если не хотите платить, там можно бесплатно создавать приватные репозитории.
