Уж не знаю, поможет ли ответ вашему холивару с коллегами.
Любая best practice в первую очередь опирается на строгое соблюдение стандартов в той области, о которой идет речь.
Для Linux - есть стандарт
FHS (Filesystem Hierarchy Standard), который описывает что, где, куда. Не соблюдать этот стандарт - можно, но нужно ли? Тем более, упомянутый образ Tomcat четко соответствует этому стандарту.
Я, например, заменил бы /app на /jaba-code. Ну а почему нет то? Ведь мы можем :)