С расширением для chrome вообще проблем возникнуть не должно.
Content скрипт вставляешь только на страницы ВК (ну или на все если тебе нужно)
Используешь background page как сигнальный механизм для синхронизации таймеров.
Можно вообще использовать таймер только на background page, а через content script вставлять на страницу отображение
В
Документации всё подробно расписано