Делал тоже самое только в медицине.
Пробивайте прямой линк. Сэкономит кучу нервов. Если на одной территории, то оптика однозначно, даже не сомневайтесь, если в разных районах, то L2 через провайдера.
Про скорость 100мбит забудьте, это прошлый век. Делайте сразу гигабит, так же сэкономит нервы и через три года не придется переделывать.
И, простите, зачем вам три домена на три корпуса? Это бред сивой кобылы. У вас на них разные сайты висят? В каждом корпусе свой системный администратор? Или что? Для чего это нужно?
И еще вопрос, на кой черт два сервера на каждый корпус? Что на этих серверах? Зачем они должны стоять в разных корпусах?
Для 200+ ПК одного домена, более чем достаточно, делаете хозяина инфраструктуры в главном корпусе, DNS, DHCP, там же резервный DC на другом сервере.
Главное - надежная, емкая транспортная инфраструктура, а на ней все остальное гораздо проще и легче делается.
Если по пунктам, то выглядит так (при условии нахождения на одной территории):
1. Одномодовая оптика на 16 волокон от второстепенных к главному корпусу.
2. В главном, оптический гигабитный коммутатор уровня ядра
3. Во второстепенных, гигабитные коммутаторы уровня сети, с оптическим портом
4. В главном ставите все сервера.
5. В главном поднимаете DC, резервный DC, файлсервер и все, что еще вам нужно.
И все, никакого геморроя с лесами и доверием и впн.
Леса нужны когда у вас уже филиалы целые в разных районах и городах, со своими политиками и т.д.
А на 200 компьютеров такое городить - это верх некомпетентности.