Для начала установить
Анализатор Microsoft Baseline Security Analyzer (MBSA) и проверить на наличие возможных уязвимостей, а так же загрузить необходимые обновления и патчи.
Помимо антивирусной защиты не лишним будет взять на вооружение набор бесплатных утилит от
Sysinternals
Из этого набора рекоммендую проверять хотя бы раз в неделю сервер с помощью программы
RootkitRevealer
Это базовый набор утилит который знаком едва ли не каждому человеку, кто хотя бы значет в чем отличие Windows Server 2003 R2 от Windows Server 2008 R2 :)
