В рунете ничего про это не нашел, но англоязычных сайтах есть ответ. Оказывается, есть config файл по пути /home/Пользователь/.config/plasmavaultrc
Вот в нем можно все расписать. Включая путь к папкам. Но для того, чтобы добавленные данные отобразились в Vault, необходимо перезапустить сессию или перезагрузиться.
Что по итогу:
1. По умолчанию файлы зашифровываются в папку /home/Пользователь/.local/share/plasma-vault/
2. По умолчанию папка монтирования /home/Пользователь/Vaults/"Наша папка". Можно выбирать любую при создании "контейнера".
3. Есть файл настроек по пути /home/Пользователь/.config/plasmavaultrc. В этот файл можно вносить изменения и добавлять уже зашифрованные данные encfs и cryfs которые вы перенесли с другого устройства. Также можно менять пути на свои предварительно перекинув данные в нужную папку.
