utf8mb4_unicode_ci использует все правила юникод для сравнения и сортировки.
utf8mb4_general_ci же игнорирует некоторые правила, благодаря чему работает немного быстрее. Разные бенчмарки показывают разные результаты, но в среднем utf8mb4_general_ci работает быстрее на 7.3%.
На современных процессорах эта разница практически незаметна, в то время как пренебрежение правилами может привести к ошибкам при обработке некоторых символов. Я не замечал проблем с латиницей/кириллицей, но я бы использовал utf8mb4_unicode_ci.