А вы писали в тех.поддержку Яндекса? Она в течение двух дней мне ответили и указали на все мои косяки, а потом ещё раз проверили и подтвердили, что я всё исправил верно.
У меня с Google Apps тоже часто своя же почта и оповещения залетали в спам, выполнив их рекомендации не помогло, только после настройки Reverse DNS стал более менее нормальный инбокс с почты сайта (обратной связи и писем-оповещений).
