Когда что-либо перетягивается с рара или другого архиватора в Винде, архиватор распаковывает файл в временную папку и дает вам доступ на редакцию. Все. Система не умеет сама назад в архив изменения пихать, не научили да и штатному пользователю это не к чему. Ли есть дополнения в ST3 которые умеют работать "прямо" с архивом не встречал.
Но на счет тотала, здравая мысль хот не совсем по сабжу. Я же юзаю nodepad++ (входящий в состав кастомного тотала). Если есть опыт написания плугинов под ST3 пробуй, задача не сложная, открыть архив (можно воспользоваться или библиотеками или консольным раром) отредактировать и залить обратно с заменой.