В общем нашел решение на официальном форуме Linux Mint.
Решение ещё от 2015 года. У меня 2018 год и Mint 18.3, но решение подходит.
Оказалось, что это делает апплет панели Cinnamon, который показывает температуру процессора.
Дело в том, что данный апплет всё ещё присутствует в списке доступных апплетов, а не поддерживается разработчиком уже более 5 лет.
Чем дольше работает система, тем больше накапливается задержка. Сначала незаметно, через несколько часов уже в районе 0,2-0,3 секунды, через пару дней аптайма (если комп только усыплять, а не выключать) превращается в зависание и пожирание процессора более чем на секунду каждые 2-3 секунды и работать становится уже невозможно.
Убрал апплет. Реально всё норм. При этом я и сам подозревал, что дело в каком-то из апплетов, но изменения не видны после удаления апплета. Это можно увидеть только после перезагрузки системы. Т. е. я удалял все апплеты и не видел позитивных изменений, так как они только после перезагрузки системы становятся заметны.
