Объемы смешные, поэтому любой способ сгодится. Значит минимизируйте человеческое участие и максимизируйте надежность.
На стороне Oracle почитайте по внешние таблицы (external table). Физически такой таблицей может быть текстовый файл, а может быть и ODBC-подключение непосредственно к MySQL базе.