Вообще - думать и сомневаться - довольно полезно. Но.
Если это стало уже проблемой: задайте себе вопрос, а где мне это уже помогло? В предыдущем проекте? Как я там делал-то? Что и куда клал? Вызывает ли это боль сейчас? Если нет - переиспользуйте свой подход. Ок, кажется это решит проблему с вопросом что и куда класть.
Теперь с именами - назовите класс наиболее очевидно. Вот что сейчас в голову пришло? ResponseDTO? Ок, отличное начало. Назавтра поняли, что этот класс было бы лучше назвать ServerResponseDTO? Отлично! Есть такая фича: Refactoring, поддерживается почти всеми IDE, и уж точно поддерживается обыным переименованием - ну потратили вы на это пару минут, но стало же лучше? ОК, в следующем проекте подобные имена уже сами будут "всплывать", - это и будет ваш опыт.
