Red Rain

Объединяют примерно так:

SELECT 'pc' table_name, * FROM prefix_categories 
UNION ALL
SELECT 'pl' table_name, * FROM prefix_link 
UNION ALL
SELECT 'pm1' table_name, *, 0 parent_id, NULL num_sort FROM prefix_menu
UNION ALL
SELECT 'pp' table_name, * FROM prefix_pages 
UNION ALL
SELECT 'pm2' table_name, *, 0 parent_id, NULL num_sort FROM prefix_menu;

Потом можно использовать это как подзапрос, по которому и создавать дерево. Но это далеко не оптимальный вариант