Сам сталкивался с подобной проблемой. Описал у себя в блоге решение iteye.ru/1853/installing-mssql-module-for-php-on-m... если будут вопросы пиши там в комменты. Не смотри на то, что там про macosx на freebsd все очень похоже.
Все получилось. Руководствовался статьей. Но помимо всего надо сделать $ export ODBCSYSINI=/opt/local/etc перед использованием isql и в envvars добавить
Сейчас пробую, просто руководствовался статьей http://blog.benjaminwalters.net/?p=10, да и хотелось более простое решение, а как оказалось, все не так просто.
