Кобальт Грозный

Разницы нет никакой. Это простое удобство.

Вот, например, по поводу метода __add__ документация сообщает:

For instance, to evaluate the expression x + y, where x is an instance of a class that has an __add__() method, x.__add__(y) is called.

Т.е. когда вы пишите a+'-678', то за вас это будет преобразовано в a.__add__('-678')

P.S. Про __len__ - https://docs.python.org/3.5/reference/datamodel.ht...
Там же находится и описание других методов.

Оптимизировать это не получится.

Ваша L-система содержит такой production rule, что при N=5 строка с инструкцией состоит из 172186881 символов. Подозреваю, что у вас даже эмулятор терминала вылетает, потому что это 160 мегабайт, которые скрипт выводит в терминал.

Для сравнения при N=4 строка с инструкцией содержит 26241 символ. Насколько я вижу у вас код, который делает рисунок, имеет линейную сложность. Т.е. даже если для N=4 выполнение программы занимает 1 секунду, то для N=5 по оптимистичной оценке (линейная сложность без большой константы впереди) потребуется 6562 секунды.

Ниже замечания, вопросы возникшие после того, как я пробежал за пять минут глазами выложенное по ссылке.

Не про код:
1. Не пользуетесь .gitignore. У вас в репозитарии есть README.md~
2. В самом README.md стоит пользоваться разметкой markdown
3. Что за коммит с мессаджем all?

Про код:
4. Как уже отмечали: большая простыня без разбиения на функции, которую зачем-то запихнули в функцию main.
5. Код не следует PEP8 (поставьте себе какой-нибудь чекер и проверяйте код). В частности очень много длинных строк, которые читать очень тяжело, лучше бы код не в main засовывали, добавляя лишние 4 пробела на каждую строку, а обошлись вообще без функций.
6. Комментариев про логику обработки файлов нет. Возможно, конечно, логика простая, но мне вникать, разбирая код, стало лениво.
7. Код ниже может выкинуть эксепшен, если кто-то неправильно сконфигурирует скрипт. Почему не обрабатываете этот экспшен, хотя исключения paramiko ловите?
list_with_path_to_file = DICT_WITH_SERVER[ip]
Проверяйте что наконфигурировали в вашем скрипте. Гарантированно же при таком количестве настроек будут опечатки, забытые запятые и кавычки.
8. Почему в одном случае вызов getcwd обёрнут в str, а вдругом нет? Это стоит пояснить комментарием, если str действительно нужен (в чём я сомневаюсь :))

path_local = str(os.getcwd()) + '/logs/' + name_logfiles
path_to_logs_parser = os.getcwd() + '/logs/' + name_parser_logfiles

9. Раз уж импортировали модуль os, то почему бы не пользоваться os.posixpath.basename вместо

name_logfiles = file_path.split('/')
name_logfiles = str(name_logfiles[-1:])...

10. Аналогичное замечание про os.posixpath.join
11. Используйте string.format. Вместо

print ('\nAll done! I will sleep next '+ str(TIME_FOR_SLEEP) +'  seconds' + '\n')

print ('\nAll done! I will sleep next {} seconds\n'.format(TIME_FOR_SLEEP))

12. Если так хочется if-ы запихнуть в одну-две строки, то пользуйтесь conditional expressions.

if i - context < 0: j = 0
else: j = i - context

пребразуется в

j = i - context if i - context >= 0 else j = 0
# а то и вовсе пишите
j = max(i-context, 0)

13. Зачем вы сравниваете с False постоянно ваши переменные found_error и first_iter? Что мешает написать сразу if no(first_iter)? Зачем вы пишете if found_error == False: print '1' else: print '2' вместо более простого if found_error: print '2' else: print '1' ?
14. Пользуйтесь контекстными менеджерами, list comprehensions. В куске кода ниже комментарий не нужен. Вы просто дублируете код.

logfile = open(path_local, 'r')  # open file for read
for line in logfile:
    logfile_list_old.append(line)
 logfile.close()

Сравните с

with open(path_local, 'r') as f:
    logfile_list_old.extend(f)

Дальше уже стало лень писать. Если вкратце, то код очень плохой. Он отвратительно структурирован и никак не документирован. В довершение ко всему, он еще и не совсем pythonic.

print(obj1.ChangePartHead(obj1.head, obj))

Выводит на печать то, что вернул метод ChangePartHead объект obj1. Указанный метод не возрвщает ничего, потому и выводится None.